Das Museum des Hauses der Bayerischen Geschichte befindet sich in einer Stadt, die nicht nur in der Gegenwart überzeugt, sondern auch eine reiche Vergangenheit besitzt. Als älteste „Hauptstadt“ Bayerns verfügt Regensburg über historische Bedeutung für ganz Bayern. Bereits in der Antike wurde die Gegend besiedelt. Im frühen Mittelalter war die Donaumetropole der Vorort des alten Herzogtums, später Freie Reichsstadt und seit dem 17. Jahrhundert Sitz des Immerwährenden Reichstags, in dem auch die zahlreichen Reichsstädte und Reichsherrschaften Frankens und Schwabens vertreten waren. 1809 wurde die Stadt staatsbayerisch. Sie zählt zu den vielen „Neuerwerbungen“, die das moderne Bayern prägten. Nach dem Fall des Eisernen Vorhangs bemühte sich Regensburg im besonderen Maß – seine historischen Traditionen aufnehmend – um die Verbindungen nach Tschechien und Ungarn.
Der Standort für das Museum der Bayerischen Geschichte liegt direkt an der Donau, inmitten der historischen Altstadt, die als UNESCO-Weltkulturerbe ausgezeichnet wurde. Dort, auf der Fläche des Donaumarkts – bisher eine städtebauliche Lücke –, ist das Museum errichtet worden. Auch der „Österreicherstadel“ als Zeichen der europäischen Handelstradition wurde in das Konzept einbezogen.
Den Architektenwettbewerb konnte das Frankfurter Büro wörner traxler richter für sich entscheiden.