Über 250 internationale Büros hatten an dem vom Staatlichen Bauamt Regensburg ausgeschriebenen Architektenwettbewerb teilgenommen. Das Frankfurter Büro woerner traxler richter entschied aufgrund der gelungenen Auseinandersetzung mit dem städtebaulichen Kontext der Stadt Regensburg den Wettbewerb für den Bau des Museums des Hauses der Bayerischen Geschichte für sich. Zum UNESCO-Welterbetag 2020 ist ein Bastelbogen entstanden, mit dem man das Museum am Donau-Ufer selbst nachbauen kann.
Die Welterbestadt Regensburg mit dem Dom im Zentrum, ihren Gassen und Plätzen, der einzigartigen Dachlandschaft und die unmittelbare Lage an der Donau prägen den Museumsentwurf. Er entwickelte sich aus dem besonderen Ort, integrierte sich und blieb doch selbstbewusst selbständig. Das Foyer nimmt auf den verlorenen Hunnenplatz Bezug. Es ermöglicht den Zugang von der Donaupromenade im Norden sowie von der Altstadt im Süden, verbindet also Stadt- und Flusslandschaft. Nach Osten führt vom Foyer aus, die frühere Eschergasse aufnehmend, ein interner Erschließungsweg insbesondere für den großen Sonderausstellungsbereich. Mit Kasse, Infopoint, Museumsladen und Wirtshaus ist das Foyer der zentrale Sammelpatz des Museums. Mit dem Panorama bietet er zudem den multimedialen Einstieg in die Dauerausstellung.
Bereits im Wettbewerb für den Neubau des Museums waren die wesentlichen städtebaulichen und architektonischen Leitlinien des Entwurfes fixiert worden:
Der Österreicher Stadel, ein denkmalgeschütztes Lagergebäude in direkter Nachbarschaft zum Museum, ist dessen zweite Herzkammer: Hier ist das Depot für die Sammlung untergebracht. Das Gebäude wurde dafür saniert und mit moderner Lagertechnik ausgerüstet. Die vielen Objekte und Spenden aus der Bevölkerung, die bereits ihren Weg in die Museumssammlung gefunden haben, werden dort verwahrt und stehen für die vielfältigsten Präsentationen bereit.
Die Verbindung zwischen Museum und Österreicherstadel schafft das Gebäude der Bavariathek. Hier sind die Projekträume und Studios für das medienpädagogische Schulungszentrum untergebracht sowie die Büros der Museumsverwaltung.